Misi MTs Negeri Windusari

11      Menanamkan akidah yang benar sesuai Al Qur’an da As Sunnah

22      Menyelengarakan pendidikan yang berkualitas dalam pencapaian prestasi akademik dan non akademik

33    Mewujudkan pembelajaran dan pembiasaan dalam mempelajari Al Qur’an dan menjalankan ajaran agama   Islam

44     Mewujudkan pembentukan karakter islami yang mampu mengaktualisasikan diri dalam masyarakat

55   Meningkatkan pengetahuan dan profesionalisme tenaga kependidikan sesuai dengan perkembangan dunia pendidikan 

-6   Menyelenggarakan tata kelola madrasah yang efektif, efisien, transparan dan akuntabel